L’île de Bagaud, réserve intégrale du Parc National de Port Cros (PNPC), fait actuellement l‘objet d’un programme décennal de restauration écologique en vue de la préservation de son patrimoine naturel. Cette restauration consiste à contrôler deux espèces exotiques envahissantes : le rat noir (Rattus rattus) et la griffe de sorcière (Carpobrotus sp.). Débuté en 2010, ce programme permet l’étude de plusieurs groupes taxonomiques avant (2010-2011) et après contrôle (2013-2019) : (1) la flore, (2) les arthropodes épigés et les insectes volants, (3) les squamates, (4) les oiseaux terrestres nicheurs et (5) les oiseaux marins nicheurs. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : contrôler et si possible éradiquer les espèces invasives de la réserve intégrale et suivre la résilience des groupes taxonomiques cités ci-dessus. Partenaires pour le suivi et l’analyse des données : IMBE, PNPC, CBNMed, association Reptil’Var, association DREAM et LPO. Autres partenaires : PIM, INRA, Conservatoire du Littoral, Domaine du Rayol, Naturoscope, UE, Natura2000, TLV, Région Sud, Naturalia Consultants en Environnement.

Le projet interdisciplinaire UECOCOT vise à développer des outils d'aide à la gestion durable des activités minières afin de permettre la meilleure cohabitation possible entre dynamique naturelle des environnements (et leur capacité de résistance aux dommages et de résilience) et les activités humaines (industrielles ou non). L'objectif global du projet est de répondre à la question " comment adapter , à un coût socio-économique acceptable, les activités minières pour que leur impact reste compatible avec la durabilité des écosystèmes côtiers et littoraux". Pour atteindre un tel objectif, le projet UECOCOT repose sur une approche multi-sites ayant des impacts miniers différents. Dans le Pacifique sud, le site choisi est le lagon de Koné (Nouvelle-Calédonie) à proximité duquel s'est implanté une mine de nickel et touché par des apports de particules riches en éléments métalliques (Ni, Cr, Co, Mn) issues de l'altération des massifs miniers latéritiques développés sur des péridotites. C'est dans ce cadre qu'a eu lieu en février 2018 une campagnes océanographique multidisciplinaire dans le lagon de Koné dont l'objectif était d'acquérir des informations sur : i) les flux hydrodynamiques et biogéochimiques entre la côte, le lagon et l'océan et les connectivités au sein même du lagon, ii) l'état écologique du lagon et son fonctionnement End to End (hydro-bio-géochimique) , iii) les apports miniers directs ou indirects (avec un focus sur les métaux) et leur impact sur le fonctionnement biogéochimique. L'ensemble des résultats acquis doit permettre de valider un modèle numérique de biologie intégrant les aspects physiologiques et comportementaux des organismes (plancton et benthos) liés à la contamination du milieu et à la circulation hydrodynamique au sein du lagon. Il doit en particulier aboutir à une meilleure compréhension du rôle de la barrière récifale sur la régulation hydrodynamique et ainsi permettre d'affiner les prévisions en terme de contamination du lagon suite à une modification de la structure récifale sous l'effet conjugué de contraintes anthropiques et climatiques. Ce projet s'inscrit dans le réseau international AMEDEE (Activité Minière, Environnement, Développement Economique, Ethiques) qui regroupe les programmes de R&D de 40 institutions scientifiques (Colin, 2016)

Communities of Rhopalocera (Lepidoptera) butterflies in 24 urban parks in Marseille Sampling of Rhopalocera communities: 7 to 12 transects in each of 24 urban parks in Marseille every 2 years since 2008. Increasing numbers of cities are currently developing sustainable policies aimed at promoting urban biodiversity and ecological dynamics through the planning of green networks and the implementation of more sustainable management practices. These human activities can strongly influence environmental factors on which the organization of ecological communities at different scales depends. Thus, it is of fundamental importance to understand the relative impact of local management, green space design and landscape features on the distribution and the abundance of species in urban areas. On the basis of 2 years of butterfly surveys in urban public parks within an extensive Mediterranean metropolitan area, Marseille (South-East France), the aim of this paper is to provide a better understanding of the effect of these three environmental scales (plot, park, landscape) on the composition and organization of species assemblages. Using variation partitioning and nestedness analysis on ecological data aggregated at plot-level and park-level respectively, we demonstrate the preponderant effect of landscape scale features on urban butterfly assemblages. Our results also highlight an important co-variation of plot management, park layout and urban landscape features, in their interaction with the community structure of urban butterflies. Although there is no significant species-area relationship, significantly nested patterns arise in species composition. Selective colonization appears as a driving force constraining the constitution of species assemblages within the city. However, a prospective study on adjacent more natural areas suggests that biotic limitations, interspecific competition and habitat filtering may play an important role if a larger portion of the urbanization gradient is explored, which remains to be investigated.

Suivi longitudinal sur 9 sites de terrain au Sénégal de l’observatoire ObsMiCE Paramètres mesurés: - détermination spécifique ; - indices d’abondance ; - données morphométriques, - estimation de l’âge, - paramètres de reproduction indicateurs de la dynamique des populations animales ; - prélèvements de tissus, d’ectoparasites et d’endoparasites ; - données environnementales ; - prévalence de parasites et pathogènes

Données de l'analyse des peuplements phytoplanctoniques de la baie de Marseille. Dans le cadre du programme " Séries à long terme " du Service d'Observation du Centre d'Océanologie de Marseille, à partir de 1994, deux points de prélèvement. - Le premier (SOFCOM) correspond au point d'appui SOMLIT (Service d'Observation en Milieu Littoral de l'INSU), situé au large des îles du Frioul. Les prélèvements sont bimensuels, effectués en surface et dans la zone de fluorescence maximale, repérée au cours de la descente d'une bathysonde munie d'un capteur de fluorescence. Les données sont disponibles jusqu'en décembre 2004. - Le deuxième (CAPCOM) correspond aux prélèvements d'eau de surface réalisés dans l'Anse des Cuivres, au pied de la Station marine d'Endoume, entre mars 1994 et décembre 2000. Ces échantillons sont pris comme référence de la frange littorale extrême. La fréquence de prélèvements de cette série a varié de 1/3 jours à 1/8. Pour les deux séries des paramètres physico-chimiques et hydrologiques sont disponibles sur le site du Service d'Observation Informations Taxonomiques Une fiche avec des Renseignements taxonomiques est disponible pour les espèces observées en Méditerranée au cours des analyses. Elle comprend : - le nom complet, l'autorité, les synonymes connus, - dans certains cas, un dessin ou une photo. - le volume moyen calculé à partir de mesures réalisées sur les données récentes. - les caractéristiques écologiques. Des liens permettent de retrouver la liste des prélèvements dans lequels une espèce a été observée, ainsi que la bibliographie qui la concerne

CARLIT : Évaluation de l’état écologique du littoral rocheux méditerranéen français – Descripteur ‘Macroalgue’ de la Directive Européenne Cadre sur l’Eau Dans le cadre du contrôle de surveillance DCE-Bassin Rhône côtier Méditerranée, la mise en œuvre du descripteur ‘Macroalgue’ a été mise en place depuis le printemps 2007 en utilisant la méthode CARLIT. Les communautés rocheuses des étages médio- et infralittoraux (frange supérieur de l’étage infralittoral souvent émergée), la géomorphologie et la nature de la roche ont été cartographiées à l’échelle 1/2 500ème. Un niveau de sensibilité écologique face aux perturbations sur une échelle de 1 (peu sensible) à 20 (très sensible) est attribué à chaque communauté. Les communautés ayant les niveaux de sensibilité les plus forts représentent les communautés climax de la zone littorale. Par une analyse géo-référencée, un indice de qualité environnementale est calculé, et permet ainsi de déterminer, pour chaque masse d’eau, un statut écologique établi suivant les critères de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau. Les littoraux sédimentaires sont ignorés à l’exception des baies naturelles très fermées où les phanérogames peuvent être abondantes, ainsi que l’intérieur des ports et des marinas. Ces deux dernières zones étant trop perturbées, elles nécessitent l’utilisation d’autres indices comme par exemple l’analyse de l’eau. L’intégralité des côtes rocheuses françaises méditerranéennes a été cartographie (depuis 2007). La méthode CARLIT (CARtographie LITtorale) développée par Ballesteros et al., 2007 et modifié par Blanfuné et al., 2017, consiste à mesurer l'abondance et la distribution des communautés ou espèces de macroalgues dominantes présentes sur les substrats rocheux de l’étage médiolittoral et de l'horizon supérieur de l’étage infralittoral (0-50 cm de profondeur) en fonction de la géomorphologie de la côte (présence de falaise supérieure à 15 m de hauteur) et de la nature du substrat (naturel, artificiel, etc.). L'abondance des communautés est cartographiée à partir d’une petite embarcation longeant la côte au plus près du littoral et à 4-5 km/h. La méthode ne s’applique donc pas à des masses d’eau dont la côte est sableuse, où le descripteur macroalgues n’est pas pertinent. Par une analyse géoréférencée, un indice de qualité environnementale (EQR) est calculé, et permet ainsi de déterminer, pour chaque masse d’eau, un statut écologique (ES) établi suivant les critères de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau. Une deuxième vague d’évaluation a commencé depuis 2012.

The New Caledonia lagoons show high seasonal and interannual variability (related to El Niño – Southern oscillation – ENSO - variability). They present a great diversity of local situations linked to differences in their geomorphology, to the nature of terrigenous inputs and to varied anthropogenic pressure. This variability impacts the structure of planktonic communities and their biodiversity. The scientific objectives of the CLAPPP project developed on 6 New Caledonia lagoons are : - 1) to describe the local environmental conditions and their seasonality, - 2) to understand the heterogeneity of phytoplankton communities at the biological, spatial and/or temporal levels, - 3) to study the role of this diversity in the functioning of coral ecosystems and the regulation of biogeochemical cycles, and - 4) to assess the importance of phytoplankton as an index of productivity and health of the lagoons in relation with local stress conditions and the risk of HABs. DOI: - https://doi.org/10.34930/2b52defe-e5f3-4fe2-9f2f-741d90e624ea Citation: Rodier, M., & Arfi, R. (2020). CLAPPP - New Caledonian lagoons: Physics and Phytoplankton processes [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/2B52DEFE-E5F3-4FE2-9F2F-741D90E624EA

Le projet Orchamp s’inscrit dans le dispositif Sentinelles des Alpes, de la Zone Atelier Alpes. L’objectif est de saisir dans le temps et dans l’espace les dynamiques couplées entre le climat, l’utilisation des terres, la biodiversité de plusieurs groupes taxonomiques et le fonctionnement des écosystèmes de montagne, à l’échelle des Alpes françaises. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : observer et prédire l’évolution de la biodiversité dans tout l’arc alpin en réponse aux forçages du climat et du changement d’usage des terres. ORCHAMP constitue un dispositif d’observation à échelles spatiales emboitées. Des protocoles simples et standardisés sont répétés sur des placettes permanentes et sur le temps long (> 20 ans). Ils permettent un suivi tous les 5 ans des écosystèmes : relevés botaniques et forestiers, analyses physico-chimiques et structure du sol, analyses de l’ADN environnemental du sol, télédétection, données météorologiques, pression anthropique et du pâturage. Cet observatoire pluridisciplinaire, privilégie une approche systémique de l’étude des territoires alpins, en entrecroisant les regards sur les trajectoires socio-économiques, les forçages macro et micro climatiques, les perturbations naturelles et les dynamiques des biodiversités. Enfin, à l’ère des données ouvertes (open data), l’ensemble des données récoltées et validées, sera structuré et diffusé afin de garantir sa réutilisation par tous, sans restriction aucune.

Etude de la sécheresse sur la pinède à chêne vert. Suivis des impacts de l’exclusion de pluie (-30%) et d'irrigation (+30%) sur la croissance primaire et la reproduction des pins d’Alep (Pinus halepensis) La station est située en région PACA, à 15 Km à l’Est de Marseille, au sein d’une forêt mixte co-dominée par le Pin d’Alep (Pinus halepensis) et le Chêne vert (Quercus ilex), deux des espèces les plus représentées en région méditerranéenne. Créée en 2007, cette station répond au besoin de mieux comprendre l’impact de l’environnement et particulièrement de la sécheresse sur les bilans d’eau, d’énergie et de matière des écosystèmes dans un contexte de changement climatique. Nous étudions notamment la croissance des feuilles, branches, et des organes reproducteurs ainsi que leurs phénologie tout au long de l'année.

Réponse de la forêt méditerranéenne en terme de dynamique, fonctionnement et biodiversité, au changement climatique. Le site O3HP (Oak Observatory at OHP) est un site expérimental développé au sein d’une forêt de chênes pubescents (Quercus pubescens Willd.) sur le site de l’OHP (Alpes de Haute-Provence, France). Les objectifs principaux du dispositif sont d’évaluer la réponse des forêts méditerranéennes, en terme de dynamique, fonctionnement et biodiversité, au changement climatique. Un dispositif expérimental d’exclusion de pluie permet de changer, sur une parcelle donnée comprenant plusieurs dizaines d’arbres, le régime des précipitations en modifiant notamment la période de sécheresse estivale. La parcelle soumise à ce changement climatique est ainsi comparée à une parcelle « témoin » et à une parcelle irriguée sans stress estival. Dans ce cadre et de façon à comparer le comportement des arbres et de la forêt entre la parcelle témoin et la parcelle soumise à un stress hydrique aggravé est réalisé depuis près de 10 ans, : - un suivi de la phénologie des 3 principales espèces forestières du site (Quercus pubescens, Acer monspessulanum et Cotinus coggygria) - un suivi de la croissance en hauteur et en diamètre des arbres -un suivi des chutes de litières avec quantification de la biomasse totale et tri par espèce et organe